| 26. Round | 19/04/2009 | 1. FC Eintracht Bamberg | - | 1. FC Nürnberg II | 0:2 |  |
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| 28. Round | 01/05/2009 | 1. FC Eintracht Bamberg | - | SSV Ulm 1846 | 1:0 | ||||
| 29. Round | 09/05/2009 | Viktoria Aschaffenburg | - | 1. FC Eintracht Bamberg | 2:0 | ||||
| 30. Round | 12/05/2009 | TSV 1860 München II | - | 1. FC Eintracht Bamberg | 1:1 | |
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| 31. Round | 16/05/2009 | 1. FC Eintracht Bamberg | - | Hessen Kassel | 1:2 | |
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| 32. Round | 23/05/2009 | SC Freiburg II | - | 1. FC Eintracht Bamberg | 5:0 | ||||
| 34. Round | 06/06/2009 | Waldhof Mannheim | - | 1. FC Eintracht Bamberg | 0:0 |
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