| 1. Round | 16/08/2008 | FC Oberneuland | - | Altona 93 | 2:1 |  |
|||
| 3. Round | 30/08/2008 | Hannover 96 II | - | Altona 93 | 0:2 | ||||
| 4. Round | 13/09/2008 | Altona 93 | - | Holstein Kiel | 1:6 | ||||
| 10. Round | 12/10/2008 | Altona 93 | - | VFC Plauen | 2:0 | ||||
| 8. Round | 18/10/2008 | Altona 93 | - | Hertha BSC II | 3:0 | ||||
| 20. Round | 28/02/2009 | Altona 93 | - | Hannover 96 II | 0:3 | ||||
| 23. Round | 21/03/2009 | Hallescher FC | - | Altona 93 | 2:0 | ||||
| 24. Round | 28/03/2009 | Altona 93 | - | Hamburger SV II | 1:3 | ||||
| 19. Round | 01/04/2009 | Chemnitzer FC | - | Altona 93 | 1:1 | ||||
| 26. Round | 18/04/2009 | Altona 93 | - | VfL Wolfsburg II | 0:1 | |
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| 28. Round | 02/05/2009 | Altona 93 | - | Sachsen Leipzig | 2:1 | ||||
| 31. Round | 20/05/2009 | 1. FC Magdeburg | - | Altona 93 | 4:1 | ||||
| 32. Round | 23/05/2009 | Altona 93 | - | Energie Cottbus II | 2:2 |
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