| 1. Round | 16/08/2008 | Eintracht Frankfurt II | - | 1. FC Eintracht Bamberg | 2:2 | ||||
| 2. Round | 22/08/2008 | TSV 1860 München II | - | Eintracht Frankfurt II | 0:1 | ||||
| 9. Round | 25/10/2008 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | Eintracht Frankfurt II | 1:2 | ||||
| 15. Round | 29/11/2008 | 1. FC Nürnberg II | - | Eintracht Frankfurt II | 1:2 | ||||
| 20. Round | 28/02/2009 | Hessen Kassel | - | Eintracht Frankfurt II | 2:2 | ||||
| 25. Round | 07/04/2009 | SSV Reutlingen | - | Eintracht Frankfurt II | 5:1 | ||||
| 32. Round | 24/05/2009 | Eintracht Frankfurt II | - | 1. FC Nürnberg II | 2:2 | ||||
| 19. Round | 27/05/2009 | Eintracht Frankfurt II | - | TSV 1860 München II | 2:1 | ||||
| 34. Round | 06/06/2009 | Eintracht Frankfurt II | - | SSV Ulm 1846 | 3:1 |
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