| 4. Round | 11/09/2016 | BSG Wismut Gera | - | FC Einheit Rudolstadt | 0:0 |  |
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| 5. Round | 18/09/2016 | FC Einheit Rudolstadt | - | Union Sandersdorf | 3:0 | ||||
| 6. Round | 24/09/2016 | FC Carl Zeiss Jena II | - | FC Einheit Rudolstadt | 1:2 | |
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| 7. Round | 01/10/2016 | Brandenburger SC Süd | - | FC Einheit Rudolstadt | 2:2 | |
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| 8. Round | 16/10/2016 | FC Einheit Rudolstadt | - | Askania Bernburg | 3:0 |  |
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| 9. Round | 22/10/2016 | BSG Chemie Leipzig | - | FC Einheit Rudolstadt | 3:1 | ||||
| 10. Round | 30/10/2016 | FC Einheit Rudolstadt | - | SV Merseburg 99 | 0:0 | ||||
| 11. Round | 06/11/2016 | VFC Plauen | - | FC Einheit Rudolstadt | 1:1 | ||||
| 15. Round | 10/12/2016 | Bischofswerdaer FV | - | FC Einheit Rudolstadt | 0:0 | ||||
| 16. Round | 18/02/2017 | VfL Halle 96 | - | FC Einheit Rudolstadt | 2:5 | |
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| 18. Round | 05/03/2017 | FSV Barleben | - | FC Einheit Rudolstadt | 1:3 | ||||
| 19. Round | 12/03/2017 | FC Einheit Rudolstadt | - | BSG Wismut Gera | 1:2 | ||||
| 20. Round | 19/03/2017 | Union Sandersdorf | - | FC Einheit Rudolstadt | 2:0 | ||||
| 23. Round | 15/04/2017 | Askania Bernburg | - | FC Einheit Rudolstadt | 2:2 | ||||
| 25. Round | 30/04/2017 | SV Merseburg 99 | - | FC Einheit Rudolstadt | 0:2 |
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