DFB-Nachwuchsliga   M. W D L goals
  at home 1 1 0 0 9 : 0
  Away 1 1 0 0 6 : 1
  2 2 0 0 15 : 1
DFB-Pokal   M. W D L goals
  Away 1 1 0 0 4 : 2
  1 1 0 0 4 : 2
Bundesliga Nord/Nordost   M. W D L goals
  at home 4 2 1 1 10 : 6
  Away 2 2 0 0 5 : 3
  6 4 1 1 15 : 9
overall   M. W D L goals
  at home 5 3 1 1 19 : 6
  Away 4 4 0 0 15 : 6
  Neutral Place 0 0 0 0 0 : 0
  9 7 1 1 34 : 12
DFB-Nachwuchsliga
2024/2025 Vorrunde Group B Holstein Kiel - 1. FC Magdeburg 1:6 (0:5)
2024/2025 Vorrunde Group B 1. FC Magdeburg - Holstein Kiel 9:0 (4:0)
DFB-Pokal
1998/1999 1. Round Holstein Kiel - 1. FC Magdeburg 2:4 aet
Bundesliga Nord/Nordost
2022/2023 2. Round 1. FC Magdeburg - Holstein Kiel 4:5 (3:5)
2021/2022 14. Round 1. FC Magdeburg - Holstein Kiel 4:0 (2:0)
2020/2021 2. Round 1. FC Magdeburg - Holstein Kiel 1:0 (0:0)
2019/2020 12. Round Holstein Kiel - 1. FC Magdeburg 2:3 (2:0)
2010/2011 24. Round Holstein Kiel - 1. FC Magdeburg 1:2 (1:1)
2010/2011 11. Round 1. FC Magdeburg - Holstein Kiel 1:1 (1:0)

For games that were decided on penalties the score after 120 minutes will be included in the ranking