| 1. Round | 30/06/2016 | FC Midtjylland | - | FK Sūduva | 1:0 | ||||
| 1. Round | 07/07/2016 | FK Sūduva | - | FC Midtjylland | 0:1 | ||||
| 2. Round | 14/07/2016 | FC Midtjylland | - | FC Vaduz | 3:0 |  |
|||
| 3. Round | 04/08/2016 | FC Midtjylland | - | Videoton FC | 1:1 aet | ||||
| Play-offs | 18/08/2016 | FC Midtjylland | - | Osmanlıspor FK | 0:1 | ||||
| Play-offs | 25/08/2016 | Osmanlıspor FK | - | FC Midtjylland | 2:0 | |
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