| 1. Round | 16/08/2008 | TSV Großbardorf | - | 1. FC Nürnberg II | 1:4 | ||||
| 2. Round | 23/08/2008 | 1. FC Nürnberg II | - | SV Darmstadt 98 | 4:0 | ||||
| 3. Round | 30/08/2008 | SV Wehen Wiesbaden II | - | 1. FC Nürnberg II | 0:2 |  |
|||
| 5. Round | 21/09/2008 | Karlsruher SC II | - | 1. FC Nürnberg II | 1:1 | |
|||
| 20. Round | 03/03/2009 | 1. FC Nürnberg II | - | SV Wehen Wiesbaden II | 4:2 | ||||
| 21. Round | 08/03/2009 | SpVgg Unterhaching II | - | 1. FC Nürnberg II | 1:1 | |
|||
| 22. Round | 15/03/2009 | 1. FC Nürnberg II | - | Karlsruher SC II | 2:1 | ||||
| 23. Round | 21/03/2009 | Viktoria Aschaffenburg | - | 1. FC Nürnberg II | 1:3 | ||||
| 24. Round | 28/03/2009 | SC Pfullendorf | - | 1. FC Nürnberg II | 1:2 | ||||
| 25. Round | 05/04/2009 | 1. FC Nürnberg II | - | SSV Ulm 1846 | 2:2 | ||||
| 26. Round | 19/04/2009 | 1. FC Eintracht Bamberg | - | 1. FC Nürnberg II | 0:2 | ||||
| 28. Round | 01/05/2009 | Hessen Kassel | - | 1. FC Nürnberg II | 1:0 | ||||
| 29. Round | 09/05/2009 | 1. FC Nürnberg II | - | SC Freiburg II | 3:0 | ||||
| 30. Round | 13/05/2009 | SpVgg Greuther Fürth II | - | 1. FC Nürnberg II | 0:1 | ||||
| 31. Round | 17/05/2009 | 1. FC Nürnberg II | - | Waldhof Mannheim | 1:1 |
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