| 1. Round | 30/06/2016 | KF Shkëndija 79 | - | KS Cracovia | 2:0 | ||||
| 1. Round | 07/07/2016 | KS Cracovia | - | KF Shkëndija 79 | 1:2 |  |
|||
| 2. Round | 14/07/2016 | Neftçi PFK | - | KF Shkëndija 79 | 0:0 | |
|||
| 2. Round | 21/07/2016 | KF Shkëndija 79 | - | Neftçi PFK | 1:0 | ||||
| 3. Round | 28/07/2016 | KF Shkëndija 79 | - | FK Mladá Boleslav | 2:0 | ||||
| 3. Round | 04/08/2016 | FK Mladá Boleslav | - | KF Shkëndija 79 | 1:0 | ||||
| Play-offs | 18/08/2016 | KAA Gent | - | KF Shkëndija 79 | 2:1 | |
Germany